市动物疫情应急指挥部在北京市突发公共事件应急委员会（简称市应急委）领导下，负责本市行政区域内发生动物疫情时的统一指挥、处置扑灭工作及其善后处理的协调工作。应急指挥部办公室为市动物疫情应急指挥部常设办事机构，设在市农业局。